1. 그룹을 생성하면 하나의 php 파일이 생성이되는건가요?
생성되는 것이 아니고 DB g4_group 으로 등록이 됩니다..
그룹은 DB 에 g4_group 테이블에 gr_id(그룹 아이디) gr_subject (그룹 이름) 으로 식별합니다.
게시판이 생성이 되면 g4_board 에 위의 그룹 아이디가 같이 등록이 되면서
그룹화가 되는 것이랍니다 ^^

2. 게시판을 생성하면 하나의 php파일이 생성이되는건가요?
bbs 폴더 안에 list.php view.php write.php 문서에서 게시판 skin 을 인크루드 하는 방식입니다.

3. 위의 두가지를 질문한 이유는 각각의 게시판을 따로 수정하기 위함입니다.
각각의 게시판을 수정하시려면 게시판스킨에서 수정하시면 됩니다.
만약  게시판 각각을 다른 기능을 추가 하시려면 아래와 같은 방법으로 하셔도 될듯 합니다.

1) 스킨 전체를 다운받아 다른 이름으로 다시 업로드 하신 후 수정
2) 위 설명했던 bbs 폴더의 문서에 변수값을 주는 방식으로 수정
ex)
if($bo_table == "notice")
{
    echo "공지사항";
 }
if($bo_table == "free")
{
    echo "자유게시판";
}