당연히 다른 계정도 자신이 고칠 수 있다는 가정에서 한 답인데요.. 아파치 까지 가지 않더라도 707 정도로 퍼미션을 주면 충분히 가능한데요?
a 계정고 b 계정이 있고, b 계정의 디렉토리를 사용하고 싶을때.. (결국은 gnu3/bbs/data/file 폴더 말고 다른 폴더를 사용하는 것과 같다고 생각하시면 됩니다.)
a 계정은 /home/a/www/gnu3 에 보드가 있고, b 계정은 /home/b 이고, /home/b/data/file 디렉토리를 사용하시고 싶으시다면, home/b/data/file 디렉토리의 퍼미션을 707 정도로 해주시고, 위의 3가지 파일에서 './data/file' 이라고 된 부분을 '/home/b/data/file' 로 수정해 주시면 됩니다..

어렵다고 봅니다. 먼저 data는 아파치에서 nobody 권한으로 파일을 올립니다.
하지만 다른계정의 nobody의 권한까지 다른계정에서 확보 할수 없습니다.
다른계정에서 확보 할려면 아파치 및 여러 부분을 서버에서 수정해주어야 하는데 보안부분에 크게 문제가 발생합니다.
어렵다고 봅니다. 그누보드의 파일 수정부분의 문제가 아닌 서버의 보안관련으로 인해 않된다고 보셔야 합니다..

변경해야할 부분은 현재 3군데로 보입니다.
bbs/gbupdate.php
bbs/gbview.php
bbs/gbdownload.php

이 파일을 여시고.. './data/file' 부분을 원하시는 위치로 변경해주시면 될 듯 합니다. 물론 사용자 계정이 틀려지는 만큼 퍼미션 조정은 해 주셔야 겠고요..

불가능 하진 않겠지만... 일찌감치 포기 하세요.

답변 잘 안 올라 올겁니다. 느낌상. ^^;;