서버의 디렉토리 구조가 어떻게 되어 있는지 모르는 상태에서는 뭐라 말씀드리기 어렵겠습니다만,

www ----  index.html                (frame set)
          └-  bottom.html              (music.html)
          └-  gnu3 ---- index.php                 
                            └-  head.sub.php
                            └-  head.php
                            └-  main.php
                            └-  .....

이하는 생략...의 디렉토리 구조로 구성하시면 가능할 것 같군요.

index.html ---- main.php (상단프레임)
                └-- bottom.php (하단프레임)
이런식으로 프레임을 나누었다면..
말씀하신 문제는 안생깁니다.