혹시 해당디렉토리가 nobody 권한이 아닌지 확인해보세요.
예전 경험에 의하면 만약 nobody 권한이면 그럴 경우가 있더군요.

예전 기억을 더듬어보면... (사실은 가물가물하지만.. ^^;;)
WinSCP 라는걸 한번 써 보세요.
FTP 프로그램인데 nobody 권한일때도 다 뚫었던거 같네요..

리눅스 -> 윈도우 -> 다시 리눅스로 파일이 이동하면 쫌 안좋습니다.

알 ftp 로 홈페이지를 다운 받았다가 다시 파일 업로드 하면

파일의 30%정도는 없어져 버립니다.

알ftp 가 /../ 까지는 잘 인식해도

/../../.. 부터는 잘 잃어 먹습니다.

어렵겠지만.

ssh. 를 이용한 압축 파일 전송을 권장해 드립니다.

어차피 mysql덤프, 백업 뜰때는 어쩔수 없이 ssh 사용해야 합니다.

#>tar zcvfp backup.tar.gz *;
-> 압축 파일 만들어 집이다.
backup.tar.gz 파일을 다운 받신후에 (어떤 ftp도 상관 없습니다.);
업로드 후에

#>tar zxvfp backup.tar.gz
-> 압축이 풀립니다. 참 쉽죠?

./perms.sh

해주면 모든 권한이 일괄적으로 적용됩니다.